薄(báo)層(céng)色(sè)譜(pǔ)掃描儀(yí)的使(shǐ)用有(yǒu)時(shí)會出(chū)現稍許(xǔ)誤差，誤差包(bāo)括三(sān)個方麵(miàn)：點樣(yàng)誤差，展(zhǎn)開誤差，定位(wèi)誤(wù)差(chà)和(hé)檢(jiǎn)測誤(wù)差。

　　采用(yòng)自動點(diǎn)樣器(qì)，誤差可控製(zhì)在0.5%，熟(shú)練(liàn)的分(fēn)析(xī)人員(yuán)用毛(máo)細管點(diǎn)樣，誤(wù)差小於1.0%，若用(yòng)微(wēi)量樣器(qì)，誤差會大(dà)些(xiē)。

　　展開(kāi)誤差來自(zì)鋪板(bǎn)的均(jūn)匀(yún)性(xìng)和(hé)樣品展開效果，若采用(yòng)預製的(dí)薄(báo)層板(bǎn)，誤差會(huì)明顯降低(dī)，采(cǎi)用雙(shuāng)波長(cháng)鋸齒掃描(miáo)，也(yě)能有效降(jiàng)低(dī)展(zhǎn)開(kāi)誤差(chà)。

　　定位誤差值斑點(diǎn)的(dí)位(wèi)置和大(dà)小(xiǎo)判定(dìng)，擴散，脫尾等(děng)易產(chǎn)生定位誤(wù)差。檢(jiǎn)測(cè)誤差來自光源的(dí)穩定(dìng)性(xìng)，光(guāng)檢(jiǎn)測器(qì)的(dí)穩(wěn)定性以(yǐ)及(jí)樣品(pǐn)對(duì)光(guāng)吸(xī)收（或熒光(guāng)產(chǎn)生）的綫(xiàn)性度(dù)等方麵。為減(jiǎn)少(shǎo)這些(xiē)誤(wù)差(chà)，需要非(fēi)常的機(jī)電(diàn)係(xì)統(tǒng)，這也(yě)直(zhí)接導致產品(pǐn)昂(áng)的價格(gé)。

　　通常情(qíng)況下(xià)，薄層(céng)掃描(miáo)分析的誤(wù)差(chà)在3%以(yǐ)下(xià)。

　　薄層(céng)數碼成像(xiàng)分(fēn)析是利用(yòng)數(shù)碼(mǎ)成像(xiàng)設備獲得(dé)薄層(céng)板上各(gè)點(diǎn)的(dí)光強度信息，之(zhī)後(hòu)對(duì)獲得(dé)圖(tú)像行分析的薄層(céng)分析。數(shù)碼成像設備(bèi)包(bāo)括兩種(zhǒng)：照(zhào)相(xiāng)機(jī)和掃(sǎo)描儀（由(yóu)於(yú)數碼掃(sǎo)描儀(yí)采用逐(zhú)行成(chéng)像(xiàng)，為(wéi)便於(yú)區(qū)分(fēn)傳統薄(báo)層(céng)掃描儀(yí)的逐點掃(sǎo)描(miáo)，將(jiāng)數(shù)碼掃描(miáo)儀稱為(wéi)逐(zhú)行掃(sǎo)描儀）。

　　和傳(chuán)統薄(báo)層掃描(miáo)樣(yàng)，照相(xiāng)機或逐行(háng)掃描(miáo)儀都具(jù)有光檢測係(xì)統，它們都(dū)是(shì)將光量綫(xiàn)性(xìng)轉(zhuǎn)化為(wéi)電信號的(dí)元(yuán)件。不同(tóng)的(dí)是(shì)，照(zhào)相機和逐(zhú)行掃(sǎo)描(miáo)儀可(kě)步將(jiāng)電信(xìn)號(hào)轉(zhuǎn)換成(chéng)電腦(nǎo)圖像，圖(tú)像(xiàng)中單個點（像(xiàng)素(sù)）的(dí)顏色深(shēn)淺反映了光(guāng)的強弱。

　　因此，薄層數碼成(chéng)像更(gēng)接(jiē)近人眼觀(guān)察(chá)檢測(cè)，結(jié)果更直觀，因此(cǐ)非(fēi)常(cháng)適合鑒(jiàn)別，別是中藥紋圖(tú)譜的識(shí)別。

　　薄層色(sè)譜掃描(miáo)儀(yí)不僅(jǐn)能成普通(tōng)白光照(zhào)射(shè)下的(dí)成像分(fēn)析，再裝配254nm或365nm紫外燈(dēng)後，也可以檢測異(yì)熒(yíng)光，異(yì)熒(yíng)光檢(jiǎn)測(cè)。